由上可知，由ABA诱导的具有转录活性的Tyl-copia类反转录转座子RT序列与基因组获得该序列性质相似，异质性强，部分序列中存在终止密码子、移框、缺失及碱基替代等突变。

    应用软件ClustaIX对序列进行比对，4种不同程度的阴影部分表示序列的保守程度；黑色部分保守性为100%；深灰色部分保守性为75%；浅灰色部分保守性为50%；没有阴形部分保守性为小于50%；X.终止密码子；·为优化联配产生的缺口，右边的数字表示序列中氨基酸的数量。

    图2 铁皮石斛中据有转录活性的Tyl-copia反转录转座子RT基因氨基酸序列较

    Fig.2 The amino sequence alignment of reverse transcriptase transcriptionally activated of Ty1-copia retrotransposons in Dendrobium officinale

    3.3 铁皮石斛Ty1组反转录转座子RT序列的系统发育进化树分析

    3.3.1 铁皮石斛中发生转录的Ty1组反转录转座子RT序列的系统发育进化树分析 利用MEGA 5.0软件邻接法将所得的铁皮石斛具有转录活性的42条Ty1-copia类反转录转座子RT氨基酸序列构建相应的系统发育进化树(图3) ......