川芎Ligusticum chuanxiong为伞形科藁本属药用植物，始载于《神农本草经》[1]，以其干燥根茎入药，是我国传统大宗中药材。四川的彭州和都江堰为川芎道地产区[23] 。其味辛、性温，有活血行气、祛风止痛功效，用于治疗头痛、风湿、月经不调等。

    近年来，川芎活性成分、药理药效研究较多，已分离出阿魏酸、藁本内酯[47]和多糖[8]等多种有效成分，具有扩张血管、抗血小板聚集和血栓形成、钙拮抗等作用。然而川芎遗传多样性、DNA指纹图谱、基因定位、遗传图谱构建、分子育种等研究却鲜有报道。川芎中能够用于上述研究的分子标记甚少，仅一些通用引物如RAPD[9]，ISSR[1011]，ITS[1213]等，极大的限制了川芎功能基因定位、分子育种等相关研究。

    微卫星序列又称简单重复序列(SSR)、短串联重复序列，由若干个串联重复单元组成，每单元含1～10个核苷酸，广泛分布在真核生物基因组中[14]。SSR具有标记之间密度大、材料间多态性好、易扩增、重复性高等优点[1516]，已在水稻[17] ......