3高通量测序浪潮下的银杏基因研究

    随着高通量测序的成本越来越低，很多物种的研究都采用了转录组测序的手段，银杏也不例外。最早的一批转录组数据来自银杏的无菌苗。这次的转录组测序得到了39 941个具有蛋白编码序列的特异转录片段，其中的24 645个片段在以前的数据库中有记录。另外，有50个片段编码的蛋白可能参与了银杏黄酮合成途径。有意思的是，这次测序还找到一个编码查尔酮异构酶的基因，且这个基因和先前报道的那个GbCHI不同，所以将其命名为GbCHI1[44]。同年，另一个课题组发表了银杏果转录组的成果。他们利用高通量测序研究银杏果在发育过程中的转录组变化。这次研究一共找到了68 547个基因，其中3 869个基因的表达量在银杏果的发育过程中发生明显变化。可惜的是，虽然这个研究详细讨论了很多基因的注释和表达情况，但对于黄酮合成相关基因却没有涉及[45]。由于银杏雌雄异株，所以有课题组试图通过研究雌芽，雄芽，雌性大孢子叶球和雄性小孢子叶球之间的转录组差异来寻找决定银杏性别的关键基因。虽然最终并没有找到那个基因，但是在研究過程中一共得到了108 307个基因，其中51 953个基因在公共数据库中找到了注释。可惜的是，这次的研究和上述一样，并没有涉及黄酮合成相关的基因[46]。

    与此同时，银杏全基因组测序工作也开始启动 ......