DNA测序鉴定非结核分枝杆菌的研究进展(3)
2 DNA序列比较法鉴定NTM2.1 DNA序列进化树聚类分析
将已知的所有的NTM某一同源DNA序列通过DNA序列分析软件进行排序、比较，建立该DNA序列的进化树，在进化树中加入待鉴定的NTM的同源DNA序列进行聚类分析，最终鉴定出待检测的菌种[19]。由于某些NTM不同DNA序列在遗传进化树中位置不完全一致，单个DNA序列携带的遗传信息有限，因此单一DNA序列聚类分析增加结果的不确定性与不同同源序列的进化速度不一致有关。有学者应用多位点序列分析(multi locus sequence analysis，MLSA)进行人为的串联重组，建立多位点DNA序列遗传系统的进化树进行聚类分析，使遗传系统的进化树聚类分析更可靠[20-22]。DNA序列数据库的正确和完整对DNA序列进化树聚类分析方法的优劣关系密切。目前尚未建成一个完整的具备所有种类NTM DNA序列的数据库，包括标准菌株和各种变异株。采用进化树进行聚类分析操作的过程复杂 ......
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